Počátky města sahají asi do poloviny 12. století, kdy na jedné ze stezek procházejících širokým pohraničním hvozdem vznikla malá osada či snad jen dvorec. Celé rozsáhlé území dostal od krále výsluhou první známý člen později rozvětveného rodu Vítkovců, podnikavý Vítek z Prčic. V polovině 13. století koupili toto území bratři Pelhřim a Ojíř z landštejnské větve Vítkovců. Kolem roku 1300 lze již v Třeboni předpokládat městské opevnění, zesílené zvenčí vodním příkopem. Třeboň se stala střediskem rozšiřujícího se panství. K roku 1341 se označuje jako město a do roku 1366 se objevuje i její český název vedle dosud užívaného Witigenowe a Wittingau. V roce 1366 se vlastníky Třeboně a přilehlého panství stali bratři z Rožmberka, za nichž město nabylo na významu a bohatství. Již následujícího roku založili Rožmberkové v Třeboni klášter , roku 1376 udělili městu tzv. právo měst královských a roku 1378 mu od krále Karla IV. vymohli výsadu na dovoz soli. Koncem 14. století se už město opevňovalo zděnými hradbami a příkopem. Toto opevnění spolu se zesíleným hrádkem a s okolním bažinatým terénem vytvářelo z Třeboně téměř nedobytnou pevnost. Tak tomu bylo i v husitských válkách, kdy město odolalo několikerým útokům.
Největšího rozmachu dosáhla Třeboň v 16. a na počátku 17. století , zejména za vlády posledních dvou Rožmberků, bratří Viléma a Petra Voka z Rožmberka. Nová éra budování a rozkvětu nastala postavením Jakuba Krčína z Jelčan do čela všeho rožmberského podnikání. Krčínovy hospodářské reformy zasáhly i město Třeboň a jeho nejbližší okolí. Toto šťastné období Třeboně skončilo vpády pasovských vojsk, vymřením Rožmberků a několika zhoubnými požáry.
Neodmyslitelnou součástí Třeboně je honosný renesanční zámek, rozkládající se na jihozápadní straně historického centra města. V těchto místech stával nejdříve panský dvorec, změněný na tvrz a později kamenný hrádek, zmiňovaný poprvé roku 1374. Nedlouho předtím koupili Třeboň Rožmberkové, kteří městu a jeho širokému okolí dopřáli náležitý rozvoj. Opevněné město dvakrát obléhali husité, naštěstí neúspěšně. V 16. století bylo Třeboňsko nejvýnosnější částí rožmberského dominia.
Město je významnou památkovou a přírodní rezervací. Proto je hojně navštěvováno turisty a lázeňskými hosty. Ve městě jsou dvojí lázně: Bertiny lázně a Lázně Aurora. Sídlí zde podnik Rybářství Třeboň, největší rybářství v Evropě, a pivovar Regent založený roku 1379. Státní zámek je pravděpodobně pátým největším areálem tohoto typu v Česku. V Třeboni na zámku sídlí Státní oblastní archiv s působností pro celý Jihočeský kraj. Širší centrum města, zahrnující historickou část místní části Třeboň I, ale i část území pod Světskou hrází, patřící do městské části Třeboň II, je městskou památkovou rezervací. Bývalý augustiniánský klášter je perlou jihočeské gotiky.